苗期主要病害有立枯病、猝倒病、灰霉病、黑根病及沤根。 1立枯病 茄果类、瓜类、十字花科类莴笋和芹菜等苗期受害重，主要为害时期是苗床幼苗期。苗茎基变褐，病部收缩细缢，茎叶萎蔫枯死。病苗直立而不倒伏故称立枯病。 该病是由立枯丝核菌侵染而引起的土传真菌病害。发病最适温度17~28℃。高温高湿有利于病菌繁殖蔓延。此外，秧苗过密，阴雨天气，苗床湿度过大等环境条件往往加重该病的发生和蔓延。 2猝倒病 茄果类、瓜类、莴笋、芹菜、洋葱和甘蓝等苗期受害重。主要为害出土后真叶尚未展开时的幼苗。茎基部出现黄褐色水渍状病斑，发展到绕茎一周后变成黄褐色、干枯、缢缩成线状，猝倒死亡。 苗床湿度大时，在病苗或其附近苗床上密生白色绵状菌丝。该病是由瓜果霉菌侵染所致。发病最适温15~16℃。在低温高湿，幼苗拥挤，光照较弱等条件下幼苗生长缓慢，最易发病，严重时引起成片死苗。 3灰霉病 茄科、葫芦科及十字花科蔬菜幼苗均会受到侵染。蔬菜幼苗在子叶期最易感病。发病初期病斑呈水渍状，逐渐变为淡褐色到黄褐色，湿度高时叶片腐烂，表面产生灰色霉状物。 该病由灰葡萄孢菌引起。发病最适温为15~27℃，当农事操作（如浇水后或遇寒流后保护膜内不排风等）造成低温高湿结露时病害严重。 4黑根病 花椰菜、甘蓝苗期受害严重。病菌主要侵染植株根茎部，使病部变黑。有些植株感病部位缢缩，潮湿时可见其上有白色霉状物。植株染病后，数天内即见叶萎蔫，干枯，继而造成整株死亡。 定植后一般停止发展，但个别田块可造成继续死苗。该病是由立枯丝核菌（无性阶段）侵染而引起的病害。发病最适温度为20~30℃。田间病害流行还与寄主抗性有关。如过高过低的土温，粘重而潮湿的土壤，均有利病害发生。 5沤根 为育苗期常见病害。发生沤根时，根部不发新根和不定根，根皮发锈后腐烂，地上部萎蔫，且容易拔起，叶缘枯焦。幼苗沤根是生理病害。发病与气候条件关系极大，使幼苗呼吸作用受到障碍，吸水能力降低，造成沤根。沤根发生后及时松土，提高地温降低湿度，使其快长新根。