深冬季节大棚蔬菜施用肥料过勤，量过大，则会造成土壤板结，瓜菜烂根、沤根、植株萎蔫等，要想改变这种不良现象，就要改良土壤，施用菌肥。菌肥是从自然界中采集到的固氮活性菌种，经过科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥，可以改良土壤的综合性状。施用菌肥的原则是：
　　1、根据田间实际情况施用。对含硫高的土壤和水田，不宜施用生物菌肥。
　　2、根据温湿度情况施用。菌肥施用的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤温度最为适宜。
　　3、不和其他农药混用。千万不要和杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等混用，因为他们很容易杀死生物菌。
　　4、与化肥混用时化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碱性肥料和生理碱性肥料混用。
　　5、不要立即全部替代其他肥料。对于多年来用化肥的田块，施用了生物菌肥后不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%、60%。
　　6、提早施用。生物菌肥不是速效肥，因此要在蔬菜的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。
　　7、不同种类的菌肥也不宜混用。目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抑制作用还不是很清楚，若相互抑制则会降低肥效。